Publications of Kirsten I. Bos

Vågene, Å. J.; Honap, T. P.; Harkins, K. M.; Rosenberg, M. S.; Giffin, K.; Cárdenas-Arroyo, F.; Leguizamón, L. P.; Arnett, J.; Buikstra, J. E.; Herbig, A. et al.; Krause, J.; Stone, A. C.; Bos, K. I.: Geographically dispersed zoonotic tuberculosis in pre-contact South American human populations. Nature Communications 13 (1), 1195 (2022)

Parker, C. E.; Bos, K. I.; Haak, W.; Krause, J.: Optimized bone sampling protocols for the retrieval of ancient DNA from archaeological remains. Journal of Visualized Experiments 177, e63250 (2021)

Immel, A.; Key, F. M.; Szolek, A.; Barquera, R.; Robinson, M. K.; Harrison, G. F.; Palmer, W. H.; Spyrou, M. A.; Susat, J.; Krause-Kyora, B. et al.; Bos, K. I.; Forrest, S.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Sauter, J.; Solloch, U.; Schmidt, A. H.; Schuenemann, V. J.; Reiter, E.; Kairies, M. S.; Weiß, R.; Arnold, S.; Wahl, J.; Hollenbach, J. A.; Kohlbacher, O.; Herbig, A.; Norman, P. J.; Krause, J.: Analysis of genomic DNA from medieval plague victims suggests long-term effect of Yersinia pestis on human immunity genes. Molecular Biology and Evolution 38 (10), msab147, pp. 4059 - 4076 (2021)

Kocher, A.; Papac, L.; Barquera Lozano, R. J.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G.; Rivollat, M.; Loosdrecht, M. S. v. d.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S. E.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz da Silva, T.; Nägele, K.; Parker, C. E.; Keller, M.; Guevara, E.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Novácek, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasilev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C. G.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K. I.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564), abi5658, pp. 182 - 188 (2021)

Posth, C.; Zaro, V.; Spyrou, M. A.; Vai, S.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Modi, A.; Peltzer, A.; Mötsch, A.; Nägele, K.; Vågene, Å. J. et al.; Nelson, E. A.; Radzeviciute, R.; Freund, C.; Bondioli, L. M.; Cappuccini, L.; Frenzel, H.; Pacciani, E.; Boschin, F.; Capecchi, G.; Martini, I.; Moroni, A.; Ricci, S.; Sperduti, A.; Turchetti, M. A.; Riga, A.; Zavattaro, M.; Zifferero, A.; Heyne, H. O.; Fernández-Domínguez, E.; Kroonen, G. J.; McCormick, M.; Haak, W.; Lari, M.; Barbujani, G.; Bondioli, L.; Bos, K. I.; Caramelli, D.; Krause, J.: The origin and legacy of the Etruscans through a 2000-year archeogenomic time transect. Science Advances 7 (39), eabi7673, pp. 1 - 13 (2021)

Sabin, S.; Yeh, H.-Y.; Pluskowski, A.; Clamer, C.; Mitchell, P. D.; Bos, K. I.: Estimating molecular preservation of the intestinal microbiome via metagenomic analyses of latrine sediments from two medieval cities. Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Series B: Biological Sciences 375 (1812), 20190576, pp. 1 - 15 (2020)

Parker, E. C.; Rohrlach, A. B.; Friederich, S.; Nagel, S.; Meyer, M.; Krause, J.; Bos, K. I.; Haak, W.: A systematic investigation of human DNA preservation in medieval skeletons. Scientific Reports 10 (1), 18225 (2020)

Giffin, K.; Lankapalli, A. K.; Sabin, S.; Spyrou, M. A.; Posth, C.; Kozakaitė, J.; Friedrich, R.; Miliauskienė, Ž.; Jankauskas, R.; Herbig, A. et al.; Bos, K. I.: A treponemal genome from an historic plague victim supports a recent emergence of yaws and its presence in 15th century Europe. Scientific Reports 10 (1), 9499 (2020)

Barquera, R.; Lamnidis, T. C.; Lankapalli, A. K.; Kocher, A.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Nelson, E. A.; Zamora-Herrera, A. C.; Perez Ramallo, P.; Bernal-Felipe, N.; Immel, A. et al.; Bos, K.; Acuña-Alonzo, V.; Barbieri, C.; Roberts, P.; Herbig, A.; Kühnert, D.; Márquez-Morfín, L.; Krause, J.: Origin and health status of first-generation Africans from early colonial Mexico. Current Biology 30 (11), 2020.04.002, pp. 2078 - 2091.e11 (2020)

Key, F. M.; Posth, C.; Esquivel Gomez, L. R.; Hübler, R.; Spyrou, M. A.; Neumann, G. U.; Furtwängler, A.; Sabin, S.; Burri Promerová, M.; Wissgott, A. et al.; Lankapalli, A. K.; Vågene, Å. J.; Meyer, M.; Nagel, S.; Tukhbatova, R.; Khokhlov, A.; Chizhevsky, A.; Hansen, S.; Belinsky, A. B.; Kalmykov, A.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Stockhammer, P. W.; Vai, S.; Zavattaro, M.; Riga, A.; Caramelli, D.; Skeates, R.; Beckett, J.; Gradoli, M. G.; Steuri, N.; Hafner, A.; Ramstein, M.; Siebke, I.; Lösch, S.; Erdal, Y. S.; Alikhan, N.-F.; Zhou, Z.; Achtman, M.; Bos, K.; Reinhold, S.; Haak, W.; Kühnert, D.; Herbig, A.; Krause, J.: Emergence of human-adapted Salmonella enterica is linked to the Neolithization process. Nature Ecology & Evolution 4 (3), pp. 324 - 333 (2020)

Nelson, E. A.; Buikstra, J. E.; Herbig, A.; Tung, T. A.; Bos, K. I.: Advances in the molecular detection of tuberculosis in pre-contact Andean South America. International Journey of Paleopathology, 2019.12.006 (2020)

Hübler, R.; Key, F. M.; Warinner, C. G.; Bos, K. I.; Krause, J.; Herbig, A.: HOPS: Automated detection and authentication of pathogen DNA in archaeological remains. Genome Biology 20 (n/a), 280 (2019) (2019)

Spyrou, M. A.; Keller, M.; Tukhbatova, R. I.; Scheib, C. L.; Nelson, E. A.; Andrades Valtueña, A.; Neumann, G.; Walker, D.; Alterauge, A.; Carty, N. et al.; Cessford, C.; Fetz, H.; Gourvennec, M.; Hartle, R.; Henderson, M.; von Heyking, K.; Inskip, S. A.; Kacki, S.; Key, F. M.; Knox, E. L.; Later, C.; Maheshwari-Aplin, P.; Peters, J.; Robb, J. E.; Schreiber, J.; Kivisild, T.; Castex, D.; Lösch, S.; Harbeck, M.; Herbig, A.; Bos, K. I.; Krause, J.: Phylogeography of the second plague pandemic revealed through analysis of historical Yersinia pestis genomes. Nature Communications 10 (1), 4470 (2019)

Bos, K. I.; Kühnert, D.; Herbig, A.; Esquivel Gomez, L. R.; Andrades Valtueña, A.; Barquera Lozano, R. J.; Giffin, K.; Lankapalli, A. K.; Nelson, E. A.; Sabin, S. et al.; Spyrou, M. A.; Krause, J.: Paleomicrobiology: Diagnosis and Evolution of Ancient Pathogens. Annual Review of Microbiology 73 (1), pp. 639 - 666 (2019)

Keller, M.; Spyrou, M. A.; Scheib, C. L.; Neumann, G.; Kröpelin, A.; Haas-Gebhard, B.; Päffgen, B.; Haberstroh, J.; Lacomba, A. R.; Raynaud, C. et al.; Cessford, C.; Durand, R.; Stadler, P.; Nägele, K.; Bates, J. S.; Trautmann, B.; Inskip, S. A.; Peters, J.; Robb, J. E.; Kivisild, T.; Castex, D.; McCormick, M.; Bos, K. I.; Harbeck, M.; Herbig, A.; Krause, J.: Ancient Yersinia pestis genomes from across Western Europe reveal early diversification during the First Pandemic (541–750). Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 116 (25), pp. 12363 - 12372 (2019)

Sabin, S.; Herbig, A.; Vagene, A. J.; Ahlström, T.; Bozovic, G.; Arcini, C.; Kuehnert, D.; Bos, K. I.: A seventeenth-century Mycobacterium tuberculosis genome supports a Neolithic emergence of the Mycobacterium tuberculosis complex. Genome Biology: Biology for the Post-Genomic Era 21, 201 (2020) (2019)

Spyrou, M. A.; Bos, K. I.; Herbig, A.; Krause, J.: Ancient pathogen genomics as an emerging tool for infectious disease research. Nature Reviews Genetics 20, pp. 323 - 340 (2019)

Bos, K. I.: TB’s Chinese travels. Nature Ecology & Evolution 2 (12), pp. 1842 - 1843 (2018)

Knauf, S.; Gogarten, J. F.; Schuenemann, V. J.; Nys, D.; M., H.; Düx, A.; Strouhal, M.; Mikalová, L.; Bos, K. I.; Armstrong, R. et al.; Batamuzi, E. K.; Chuma, I. S.; Davoust, B.; Diatta, G.; Fyumagwa, R. D.; Kazwala, R. R.; Keyyu, J. D.; Lejora, I. A. V.; Levasseur, A.; Liu, H.; Mayhew, M. A.; Mediannikov, O.; Raoult, D.; Wittig, R. M.; Roos, C.; Leendertz, F. H.; Šmajs, D.; Nieselt, K.; Krause, J.; Calvignac-Spencer, S.: Nonhuman primates across sub-Saharan Africa are infected with the yaws bacterium Treponema pallidum subsp. pertenue. Emerging Microbes & Infections 7, 157 (2018)

Mann, A.; Sabin, S.; Ziesemer, K.; Vågene, Å. J.; Schroeder, H.; Ozga, A. T.; Sankaranarayanan, K.; Hofman, C. A.; Fellows Yates, J. A.; Salazar-García, D. C. et al.; Frohlich, B.; Aldenderfer, M.; Hoogland, M.; Read, C.; Milner, G. R.; Stone, A. C.; Lewis, C. M.; Krause, J.; Hofman, C.; Bos, K. I.; Warinner, C. G.: Differential preservation of endogenous human and microbial DNA in dental calculus and dentin. Scientific Reports 8 (1), 9822 (2018)