Publications of Johannes Krause

Scott, A.; Reinhold, S.; Hermes, T.; Kalmykov, A. A.; Belinskiy, A.; Buzhilova, A.; Berezina, N.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Guliyev, F. et al.; Lyonnet, B.; Gasimov, P.; Jalilov, B.; Eminli, J.; Iskandarov, E.; Hammer, E.; Nugent, S. E.; Hagan, R.; Majander, K.; Onkamo, P.; Nordqvist, K.; Shishlina, N.; Kaverzneva, E.; Korolev, A. I.; Khokhlov, A. A.; Smolyaninov, R. V.; Sharapova, S. V.; Krause, R.; Karapetian, M.; Stolarczyk, E.; Krause, J.; Hansen, S.; Haak, W.; Warinner, C.: Emergence and intensification of dairying in the Caucasus and Eurasian steppes. Nature Ecology & Evolution, s41559-022-01701-6 (2022)

Andrades Valtueña, A.; Neumann, G.; Spyrou, M. A.; Musralina, L.; Aron, F.; Beisenov, A.; Belinskiy, A. B.; Bos, K. I.; Buzhilova, A.; Conrad, M. et al.; Djansugurova, L. B.; Dobes, M.; Ernee, M.; Fernandez-Eraso, J.; Frohlich, B.; Furmanek, M.; Hałuszko, A.; Hansen, S.; Harney, E.; Hiss, A. N.; Hübner, A.; Key, F. M.; Khussainova, E.; Kitov, E.; Kitova, A. O.; Knipper, C.; Kühnert, D.; Lalueza-Fox, C.; Littleton, J.; Massy, K.; Mittnik, A.; Mujika-Alustiza, J. A.; Olalde, I.; Papac, L.; Penske, S. E.; Peska, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.; Reinhold, S.; Stahl, R.; Stäuble, H.; Tukhbatova, R. I.; Vasilyev, S.; Veselovskaya, E.; Warinner, C.; Stockhammer, P. W.; Haak, W.; Krause, J.; Herbig, A.: Stone Age Yersinia pestis genomes shed light on the early evolution, diversity, and ecology of plague. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119 (17), e2116722119, pp. 1 - 11 (2022)

Ramstein, M.; Steuri, N.; Brönnimann, D.; Rentzel, P.; Cornelissen, M.; Schimmelpfennig, D.; Anselmetti, F. S.; Häberle, S.; Vandorpe, P.; Siebke, I. et al.; Furtwängler, A.; Szidat, S.; Hafner, A.; Krause, J.; Lösch, S.: The well-preserved Late Neolithic dolmen burial of Oberbipp, Switzerland: construction, use, and post-depositional processes. Journal of Archaeological Science: Reports 42, 103397 (2022)

Vågene, Å. J.; Honap, T. P.; Harkins, K. M.; Rosenberg, M. S.; Giffin, K.; Cárdenas-Arroyo, F.; Leguizamón, L. P.; Arnett, J.; Buikstra, J. E.; Herbig, A. et al.; Krause, J.; Stone, A. C.; Bos, K. I.: Geographically dispersed zoonotic tuberculosis in pre-contact South American human populations. Nature Communications 13 (1), 1195 (2022)

Parker, C. E.; Bos, K. I.; Haak, W.; Krause, J.: Optimized bone sampling protocols for the retrieval of ancient DNA from archaeological remains. Journal of Visualized Experiments 177, e63250 (2021)

Robbeets, M.; Bouckaert, R.; Conte, M.; Savelyev, A.; Li, T.; An, D.-I.; Shinoda, K.; Cui, Y.; Kawashima, T.; Kim, G. et al.; Uchiyama, J.; Dolinska, J.; Oskolskaya, S.; Yamano, K.-Y.; Seguchi, N.; Tomita, H.; Takamiya, H.; Kanzawa-Kiriyama, H.; Oota, H.; Ishida, H.; Kimura, R.; Sato, T.; Kim, J.-H.; Bjorn, R.; Deng, B.; Rhee, S.; Ahn, K.-D.; Gruntov, I.; Mazo, O.; Bentley, J.; Fernandes, R.; Roberts, P.; Bausch, I.; Gilaizeau, L.; Yoneda, M.; Kugai, M.; Bianco, R. A.; Zhang, F.; Himmel, M.; Krause, J.; Hudson, M.; Ning, C.: Triangulation supports agricultural spread of the Transeurasian languages. Nature 599, s41586-021-04108-8, pp. 616 - 621 (2021)

Villalba-Mouco, V.; Oliart, C.; Rihuete-Herrada, C.; Childebayeva, A.; Rohrlach, A. B.; Beltrán, E. C.; Velasco-Felipe, C.; Aron, F.; Himmel, M.; Freund, C. et al.; Alt, K. W.; Salazar-García, D. C.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Pérez, M. S. H.; Barciela, V.; Romero, A.; Ponce, J.; Martínez, A.; Lomba, J.; Soler, J.; Martínez, A. P.; Fernández, A. A.; Haber-Uriarte, M.; de Muñoz, C. R. T.; Olalde, I.; Lalueza-Fox, C.; Reich, D.; Krause, J.; Sanjuán, L. G.; Lull, V.; Micó, R.; Risch, R.; Haak, W.: Genomic transformation and social organization during the Copper Age–Bronze Age transition in southern Iberia. Science Advances 7 (47), eabi7038 (2021)

Zhang, F.; Ning, C.; Scott, A.; Fu, Q.; Bjorn, R.; Li, W.; Wei, D.; Wang, W.; Fan, L.; Abuduresule, I. et al.; Hu, X.; Ruan, Q.; Niyazi, A.; Dong, G.; Cao, P.; Liu, F.; Dai, Q.; Feng, X.; Yang, R.; Tang, Z.; Ma, P.; Li, C.; Gao, S.; Xu, Y.; Wu, S.; Wen, S.; Zhu, H.; Zhou, H.; Robbeets, M.; Kumar, V.; Krause, J.; Warinner, C. G.; Jeong, C.; Cui, Y.: The genomic origins of the Bronze Age Tarim Basin mummies. Nature 599, s41586-021-04052-7, pp. 256 - 261 (2021)

Librado, P.; Khan, N.; Fages, A.; Kusliy, M. A.; Suchan, T.; Tonasso-Calvière, L.; Schiavinato, S.; Alioglu, D.; Fromentier, A.; Perdereau, A. et al.; Aury, J.-M.; Gaunitz, C.; Chauvey, L.; Seguin-Orlando, A.; Der Sarkissian, C.; Southon, J.; Shapiro, B.; Tishkin, A. A.; Kovalev, A. A.; Alquraishi, S.; Alfarhan, A. H.; Al-Rasheid, K. A. S.; Seregély, T.; Klassen, L.; Iversen, R.; Bignon-Lau, O.; Bodu, P.; Olive, M.; Castel, J.-C.; Boudadi-Maligne, M.; Alvarez, N.; Germonpré, M.; Moskal-del Hoyo, M.; Wilczyński, J.; Pospuła, S.; Lasota-Kuś, A.; Tunia, K.; Nowak, M.; Rannamäe, E.; Saarma, U.; Boeskorov, G.; Lōugas, L.; Kyselý, R.; Peške, L.; Bălășescu, A.; Dumitrașcu, V.; Dobrescu, R.; Gerber, D.; Kiss, V.; Szécsényi-Nagy, A.; Mende, B. G.; Gallina, Z.; Somogyi, K.; Kulcsár, G.; Gál, E.; Bendrey, R.; Allentoft, M. E.; Sirbu, G.; Dergachev, V.; Shephard, H.; Tomadini, N.; Grouard, S.; Kasparov, A.; Basilyan, A. E.; Anisimov, M. A.; Nikolskiy, P. A.; Pavlova, E. Y.; Pitulko, V.; Brem, G.; Wallner, B.; Schwall, C.; Keller, M.; Kitagawa, K.; Bessudnov, A. N.; Bessudnov, A.; Taylor , W.; Magail, J.; Gantulga, J.-O.; Bayarsaikhan, J.; Erdenebaatar, D.; Tabaldiev, K.; Mijiddorj, E.; Boldgiv, B.; Tsagaan, T.; Pruvost, M.; Olsen, S.; Makarewicz, C. A.; Valenzuela Lamas, S.; Albizuri Canadell, S.; Nieto Espinet, A.; Iborra, M. P.; Lira Garrido, J.; Rodríguez González, E.; Celestino, S.; Olària, C.; Arsuaga, J. L.; Kotova, N.; Pryor, A.; Crabtree, P.; Zhumatayev, R.; Toleubaev, A.; Morgunova, N. L.; Kuznetsova, T.; Lordkipanize, D.; Marzullo, M.; Prato, O.; Bagnasco Gianni, G.; Tecchiati, U.; Clavel, B.; Lepetz, S.; Davoudi, H.; Mashkour, M.; Berezina, N. Y.; Stockhammer, P. W.; Krause, J.; Haak, W.; Morales-Muñiz, A.; Benecke, N.; Hofreiter, M.; Ludwig, A.; Graphodatsky, A. S.; Peters, J.; Kiryushin, K. Y.; Iderkhangai, T.-O.; Bokovenko, N. A.; Vasiliev, S. K.; Seregin, N. N.; Chugunov, K. V.; Plasteeva, N. A.; Baryshnikov, G. F.; Petrova, E.; Sablin, M.; Ananyevskaya, E.; Logvin, A.; Shevnina, I.; Logvin, V.; Kalieva, S.; Loman, V.; Kukushkin, I.; Merz, I.; Merz, V.; Sakenov, S.; Varfolomeyev, V.; Usmanova, E.; Zaibert, V.; Arbuckle, B.; Belinskiy, A. B.; Kalmykov, A.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Yudin, A. I.; Vybornov, A. A.; Epimakhov, A.; Berezina, N. S.; Roslyakova, N.; Kosintsev, P. A.; Kuznetsov, P. F.; Anthony, D.; Kroonen, G. J.; Kristiansen, K.; Wincker, P.; Outram, A.; Orlando, L.: The origins and spread of domestic horses from the Western Eurasian steppes. Nature 598 (7882), s41586-021-04018-9, pp. 634 - 640 (2021)

Suchan, T.; Kusliy, M. A.; Khan, N.; Chauvey, L.; Tonasso-Calvière, L.; Schiavinato, S.; Southon, J.; Keller, M.; Kitagawa, K.; Krause, J. et al.; Bessudnov, A. N.; Bessudnov, A. A.; Graphodatsky, A. S.; Valenzuela-Lamas, S.; Wilczyński, J.; Pospuła, S.; Tunia, K.; Nowak, M.; Moskal-delHoyo, M.; Tishkin, A. A.; Pryor, A. J. E.; Outram, A. K.; Orlando, L.: Performance and automation of ancient DNA capture with RNA hyRAD probes. Molecular Ecology Resources, 13518 (2021)

Pfrengle, S.; Neukamm, J.; Guellil, M.; Keller, M.; Molak, M.; Avanzi, C.; Kushniarevich, A.; Montes, N.; Neumann, G. U.; Reiter, E. et al.; Tukhbatova, R. I.; Berezina, N. Y.; Buzhilova, A. P.; Korobov, D. S.; Suppersberger Hamre, S.; Matos, V. M. J.; Ferreira, M. T.; González-Garrido, L.; Wasterlain, S. N.; Lopes, C.; Santos, A. L.; Antunes-Ferreira, N.; Duarte, V.; Silva, A. M.; Melo, L.; Sarkic, N.; Saag, L.; Tambets, K.; Busso, P.; Cole, S. T.; Avlasovich, A.; Roberts, C. A.; Sheridan, A.; Cessford, C.; Robb, J.; Krause, J.; Scheib, C. L.; Inskip, S. A.; Schuenemann, V. J.: Mycobacterium leprae diversity and population dynamics in medieval Europe from novel ancient genomes. BMC Biology 19 (1), 220 (2021)

Immel, A.; Key, F. M.; Szolek, A.; Barquera, R.; Robinson, M. K.; Harrison, G. F.; Palmer, W. H.; Spyrou, M. A.; Susat, J.; Krause-Kyora, B. et al.; Bos, K. I.; Forrest, S.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Sauter, J.; Solloch, U.; Schmidt, A. H.; Schuenemann, V. J.; Reiter, E.; Kairies, M. S.; Weiß, R.; Arnold, S.; Wahl, J.; Hollenbach, J. A.; Kohlbacher, O.; Herbig, A.; Norman, P. J.; Krause, J.: Analysis of genomic DNA from medieval plague victims suggests long-term effect of Yersinia pestis on human immunity genes. Molecular Biology and Evolution 38 (10), msab147, pp. 4059 - 4076 (2021)

Kocher, A.; Papac, L.; Barquera Lozano, R. J.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G.; Rivollat, M.; Loosdrecht, M. S. v. d.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S. E.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz da Silva, T.; Nägele, K.; Parker, C. E.; Keller, M.; Guevara, E.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Novácek, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasilev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C. G.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K. I.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564), abi5658, pp. 182 - 188 (2021)

Posth, C.; Zaro, V.; Spyrou, M. A.; Vai, S.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Modi, A.; Peltzer, A.; Mötsch, A.; Nägele, K.; Vågene, Å. J. et al.; Nelson, E. A.; Radzeviciute, R.; Freund, C.; Bondioli, L. M.; Cappuccini, L.; Frenzel, H.; Pacciani, E.; Boschin, F.; Capecchi, G.; Martini, I.; Moroni, A.; Ricci, S.; Sperduti, A.; Turchetti, M. A.; Riga, A.; Zavattaro, M.; Zifferero, A.; Heyne, H. O.; Fernández-Domínguez, E.; Kroonen, G. J.; McCormick, M.; Haak, W.; Lari, M.; Barbujani, G.; Bondioli, L.; Bos, K. I.; Caramelli, D.; Krause, J.: The origin and legacy of the Etruscans through a 2000-year archeogenomic time transect. Science Advances 7 (39), eabi7673, pp. 1 - 13 (2021)

Wu, X.; Ning, C.; Key, F. M.; Andrades Valtueña, A.; Lankapalli, A. K.; Gao, S.; Yang, X.; Zhang, F.; Liu, L.; Nie, Z. et al.; Ma, J.; Krause, J.; Herbig, A.; Cui, Y.: A 3,000-year-old, basal S. enterica lineage from Bronze Age Xinjiang suggests spread along the Proto-Silk Road. PLoS Pathogens 17 (9), 1009886, pp. 1 - 19 (2021)

Wang, C.-C.; Posth, C.; Furtwängler, A.; Sümegi, K.; Bánfai, Z.; Kásler, M.; Krause, J.; Melegh, B.: Genome-wide autosomal, mtDNA, and Y chromosome analysis of King Bela III of the Hungarian Arpad dynasty. Scientific Reports 11 (1), 19210 (2021)

Carlhoff, S.; Duli, A.; Nägele, K.; Nur, M.; Skov, L.; Sumantri, I.; Oktaviana, A. A.; Hakim, B.; Burhan, B.; Syahdar, F. A. et al.; McGahan, D. P.; Bulbeck, D.; Perston, Y. L.; Newman, K.; Saiful, A. M.; Ririmasse, M.; Chia, S.; Hasanuddin; Pulubuhu, D. A. T.; Suryatman; Supriadi; Jeong, C.; Peter, B.; Prüfer, K.; Powell, A.; Krause, J.; Posth, C.; Brumm, A.: Genome of a middle Holocene hunter-gatherer from Wallacea. Nature 596 (7873), pp. 543 - 547 (2021)

Papac, L.; Ernée, M.; Dobeš, M.; Langová, M.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Neumann, G.; Spyrou, M. A.; Rohland, N.; Velemínský, P. et al.; Kuna, M.; Brzobohatá, H.; Culleton, B.; Daněček, D.; Danielisová, A.; Dobisíková, M.; Hložek, J.; Kennett, D. J.; Klementová, J.; Kostka, M.; Krištuf, P.; Kuchařík, M.; Hlavová, J. K.; Limburský, P.; Malyková, D.; Mattiello, L.; Petriščáková, M. P.; Průchová, E.; Stránská, P.; Smejtek, L.; Šumberová, J. Š.; Švejcar, O.; Trefný, M.; Vávra, M.; Kolář, J.; Volker , H.; Krause, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.; Schiffels, S.; Haak, W.: Dynamic changes in genomic and social structures in third millennium BCE central Europe. Science Advances 7 (35), 6941 (2021)

Ingman, T.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Akar, M.; Ilgner, J.; Gnecchi Ruscone, G. A.; le Roux, P.; Shafiq, R.; Neumann, G. U.; Keller, M. et al.; Freund, C.; Marzo, S.; Lucas, M.; Krause, J.; Roberts, P.; Yener, K. A.; Stockhammer, P. W.: Human mobility at Tell Atchana (Alalakh), Hatay, Turkey during the 2nd millennium BC: integration of isotopic and genomic evidence. PLoS One 16 (6), 0241883, p. e0241883 (2021)

Fellows Yates, J. A.; Velsko, I. M.; Aron, F.; Posth, C.; Hofman, C. A.; Austin, R. M.; Parker, C. E.; Mann, A. E.; Nägele, K.; Arthur, K. W. et al.; Arthur, J. W.; Bauer, C. C.; Crevecoeur, I.; Cupillard, C.; Curtis, M. C.; Dalén, L.; Díaz-Zorita Bonilla, M.; Fernández-Lomana, D.; Carlos, J.; Drucker, D. G.; Escribano Escrivá, E.; Francken, M.; Gibbon, V. E.; Morales, G.; R., M.; Grande Mateu, A.; Harvati, K.; Henry, A. G.; Humphrey, L.; Menéndez, M.; Mihailović, D.; Peresani, M.; Rodríguez Moroder, S.; Roksandic, M.; Rougier, H.; Sázelová, S.; Stock, J. T.; Straus, L. G.; Svoboda, J.; Teßmann, B.; Walker, M. J.; Power, R. C.; Lewis, C. M.; Sankaranarayanan, K.; Guschanski, K.; Wrangham, R. W.; Dewhirst, F. E.; Salazar-García, D. C.; Krause, J.; Herbig, A.; Warinner, C.: The evolution and changing ecology of the African hominid oral microbiome. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118 (20), e2021655118, pp. 1 - 11 (2021)