Publications

Scire, J.; Barido-Sottani, J.; Kühnert, D.; Vaughan, T. G.; Stadler, T.: Robust phylodynamic analysis of genetic sequencing data from structured populations. Viruses 14 (8), 1648 (2022)

Översti, S.; Palo, J. U.: Variation in the substitution rates among the human mitochondrial Haplogroup U Sublineages. Genome Biology and Evolution 14 (7), evac097 (2022)

Andrades Valtueña, A.; Neumann, G.; Spyrou, M. A.; Musralina, L.; Aron, F.; Beisenov, A.; Belinskiy, A. B.; Bos, K. I.; Buzhilova, A.; Conrad, M. et al.; Djansugurova, L. B.; Dobes, M.; Ernee, M.; Fernandez-Eraso, J.; Frohlich, B.; Furmanek, M.; Hałuszko, A.; Hansen, S.; Harney, E.; Hiss, A. N.; Hübner, A.; Key, F. M.; Khussainova, E.; Kitov, E.; Kitova, A. O.; Knipper, C.; Kühnert, D.; Lalueza-Fox, C.; Littleton, J.; Massy, K.; Mittnik, A.; Mujika-Alustiza, J. A.; Olalde, I.; Papac, L.; Penske, S. E.; Peska, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.; Reinhold, S.; Stahl, R.; Stäuble, H.; Tukhbatova, R. I.; Vasilyev, S.; Veselovskaya, E.; Warinner, C.; Stockhammer, P. W.; Haak, W.; Krause, J.; Herbig, A.: Stone Age Yersinia pestis genomes shed light on the early evolution, diversity, and ecology of plague. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119 (17), e2116722119, pp. 1 - 11 (2022)

Vågene, Å. J.; Honap, T. P.; Harkins, K. M.; Rosenberg, M. S.; Giffin, K.; Cárdenas-Arroyo, F.; Leguizamón, L. P.; Arnett, J.; Buikstra, J. E.; Herbig, A. et al.; Krause, J.; Stone, A. C.; Bos, K. I.: Geographically dispersed zoonotic tuberculosis in pre-contact South American human populations. Nature Communications 13 (1), 1195 (2022)

Arimide, D. A.; Esquivel Gómez, L. R.; Kebede, Y.; Sasinovich, S.; Balcha, T.; Björkman, P.; Kühnert, D.; Medstrand, P.: Molecular epidemiology and transmission dynamics of the HIV-1 epidemic in Ethiopia: epidemic decline coincided with behavioral interventions before ART scale-up. Frontiers in Microbiology 13, 821006 (2022)

Kocher, A.; Cornuault, J.; Gantier, J.-C.; Manzi, S.; Chavy, A.; Girod, R.; Dusfour, I.; Forget, P.-M.; Ginouves, M.; Prévot, G. et al.; Guégan, J.-F.; Bañuls, A.-L.; de Thoisy, B.; Murienne, J.: Biodiversity and vector-borne diseases: host dilution and vector amplification occur simultaneously for Amazonian leishmaniases. Molecular Ecology, 16341 (2022)

Kocher, A.; Papac, L.; Barquera Lozano, R. J.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G.; Rivollat, M.; Loosdrecht, M. S. v. d.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S. E.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz da Silva, T.; Nägele, K.; Parker, C. E.; Keller, M.; Guevara, E.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Novácek, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasilev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C. G.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K. I.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564), abi5658, pp. 182 - 188 (2021)

Hoffmann, K.; Bouckaert, R.; Greenhill, S. J.; Kühnert, D.: Bayesian phylogenetic analysis of linguistic data using BEAST. Journal of Language Evolution, lzab005 (2021)

de Thoisy, B.; Duron, O.; Epelboin, L.; Musset, L.; Quénel, P.; Roche, B.; Binetruy, F.; Briolant, S.; Carvalho, L.; Chavy, A. et al.; Couppié, P.; Demar, M.; Douine, M.; Dusfour, I.; Epelboin, Y.; Flamand, C.; Franc, A.; Ginouvès, M.; Gourbière, S.; Houël, E.; Kocher, A.; Lavergne, A.; Le Turnier, P.; Mathieu, L.; Murienne, J.; Nacher, M.; Pelleau, S.; Prévot, G.; Rousset, D.; Roux, E.; Schaub, R.; Talaga, S.; Thill, P.; Tirera, S.; Guégan, J.-F.: Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats. Infection, Genetics and Evolution 93, 104916 (2021)

Guinat, C.; Vergne, T.; Kocher, A.; Chakraborty, D.; Paul, M. C.; Ducatez, M.; Stadler, T.: What can phylodynamics bring to animal health research? Trends in Ecology and Evolution 36 (9), 2021.04.013, pp. 837 - 847 (2021)

Pečerska, J.; Kühnert, D.; Meehan, C. J.; Coscollá, M.; de Jong; C., B.; Gagneux, S.; Stadler, T.: Quantifying transmission fitness costs of multi-drug resistant tuberculosis. Epidemics 36, 100471 (2021)

Fischer, M.; Herbst, L.; Galla, M.; Long, Y.; Wicke, K.: Unrooted non-binary tree-based phylogenetic networks. Discrete applied mathematics 294, 2021.01.005, pp. 10 - 30 (2021)

Hufsky, F.; Lamkiewicz, K.; Almeida, A.; Aouacheria, A.; Arighi, C.; Bateman, A.; Baumbach, J.; Beerenwinkel, N.; Brandt, C.; Cacciabue, M. et al.; Chuguransky, S.; Drechsel, O.; Finn, R. D.; Fritz, A.; Fuchs, S.; Hattab, G.; Hauschild, A.-C.; Heider, D.; Hoffmann, M.; Hölzer, M.; Hoops, S.; Kaderali, L.; Kalvari, I.; von Kleist, M.; Kmiecinski, R.; Kühnert, D.; Lasso, G.; Libin, P.; List, M.; Löchel, H. F.; Martin, M. J.; Martin, R.; Matschinske, J.; McHardy, A. C.; Mendes, P.; Mistry, J.; Navratil, V.; Nawrocki, E.; O'Toole, Á. N.; Palacios-Ontiveros, N.; Petrov, A. I.; Rangel-Piñeros, G.; Redaschi, N.; Reimering, S.; Reinert, K.; Reyes, A.; Richardson, L.; Robertson, D. L.; Sadegh, S.; Singer, J. B.; Theys, K.; Upton, C.; Welzel, M.; Williams, L.; Marz, M.: Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and Coronavirus research. Briefings in Bioinformatics 22 (2), bbaa232, pp. 642 - 663 (2021)

Smith, M. R.; Trofimova, M.; Weber, A.; Duport, Y.; Kühnert, D.; von Kleist, M.: Rapid incidence estimation from SARS-CoV-2 genomes reveals decreased case detection in Europe during summer 2020. Nature Communications 12 (1), 6009 (2021)

Sabin, S.; Yeh, H.-Y.; Pluskowski, A.; Clamer, C.; Mitchell, P. D.; Bos, K. I.: Estimating molecular preservation of the intestinal microbiome via metagenomic analyses of latrine sediments from two medieval cities. Philosophical Transactions of the Royal Society of London, Series B: Biological Sciences 375 (1812), 20190576, pp. 1 - 15 (2020)

Scerri, E. M. L.; Kühnert, D.; Blinkhorn, J.; Carleton, W. C.; Roberts, P.; Nicoll, K.; Zerboni, A.; Orijemie, E. A.; Barton, H.; Candy, I. et al.; Goldstein, S. T.; Hawks, J.; Niang, K.; N’Dah, D.; Petraglia, M. D.; Vella, N. C.: Field-based sciences must transform in response to COVID-19. Nature Ecology & Evolution, s41559-020-01317-8 (2020)

Majander, K.; Pfrengle, S.; Kocher, A.; Neukamm, J.; du Plessis, L.; Pla-Díaz, M.; Arora, N.; Akgül, G.; Salo, K.; Schats, R. et al.; Inskip, S.; Oinonen, M.; Valk, H.; Malve, M.; Kriiska, A.; Onkamo, P.; González-Candelas, F.; Kühnert, D.; Krause, J.; Schuenemann, V. J.: Ancient bacterial genomes reveal a high diversity of Treponema pallidum Strains in early Modern Europe. Current Biology 30 (19), 2020.07.058, pp. 3788 - 3803.e10 (2020)

Barquera, R.; Lamnidis, T. C.; Lankapalli, A. K.; Kocher, A.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Nelson, E. A.; Zamora-Herrera, A. C.; Perez Ramallo, P.; Bernal-Felipe, N.; Immel, A. et al.; Bos, K.; Acuña-Alonzo, V.; Barbieri, C.; Roberts, P.; Herbig, A.; Kühnert, D.; Márquez-Morfín, L.; Krause, J.: Origin and health status of first-generation Africans from early colonial Mexico. Current Biology 30 (11), 2020.04.002, pp. 2078 - 2091.e11 (2020)

Key, F. M.; Posth, C.; Esquivel Gomez, L. R.; Hübler, R.; Spyrou, M. A.; Neumann, G. U.; Furtwängler, A.; Sabin, S.; Burri Promerová, M.; Wissgott, A. et al.; Lankapalli, A. K.; Vågene, Å. J.; Meyer, M.; Nagel, S.; Tukhbatova, R.; Khokhlov, A.; Chizhevsky, A.; Hansen, S.; Belinsky, A. B.; Kalmykov, A.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Stockhammer, P. W.; Vai, S.; Zavattaro, M.; Riga, A.; Caramelli, D.; Skeates, R.; Beckett, J.; Gradoli, M. G.; Steuri, N.; Hafner, A.; Ramstein, M.; Siebke, I.; Lösch, S.; Erdal, Y. S.; Alikhan, N.-F.; Zhou, Z.; Achtman, M.; Bos, K.; Reinhold, S.; Haak, W.; Kühnert, D.; Herbig, A.; Krause, J.: Emergence of human-adapted Salmonella enterica is linked to the Neolithization process. Nature Ecology & Evolution 4 (3), pp. 324 - 333 (2020)

Grant, H. E.; Hodcroft, E. B.; Ssemwanga, D.; Kitayimbwa, J. M.; Yebra, G.; Esquivel Gomez, L. R.; Frampton, D.; Gall, A.; Kellam, P.; de Oliveira, T. et al.; Bbosa, N.; Nsubuga, R. N.; Kibengo, F.; Kwan, T. H.; Lycett, S.; Kao, R.; Robertson, D. L.; Ratmann, O.; Fraser, C.; Pillay, D.; Kaleebu, P.; Leigh Brown, A. J.: Pervasive and non-random recombination in near full-length HIV genomes from Uganda. Virus Evolution 6 (1), veaa004, pp. 1 - 12 (2020)