Publications

Tay, J. H.; Kocher, A.; Duchene, S.: Assessing the effect of model specification and prior sensitivity on Bayesian tests of temporal signal. PLOS Computational Biology 20 (11), e1012371 (2024)

Goliaei, S.; Foroughmand-Araabi, M.-H.; Roddy, A.; Weber, A.; Översti, S.; Kühnert, D.; McHardy, A. C.: Importations of SARS-CoV-2 lineages decline after nonpharmaceutical interventions in phylogeographic analyses. Nature Communications 15 (1), 5267 (2024)

Michel, M.; Skourtanioti, E.; Pierini, F.; Guevara, E. K.; Mötsch, A.; Kocher, A.; Barquera, R.; Bianco, R. A.; Carlhoff, S.; Bove, L. C. et al.; Freilich, S.; Giffin, K.; Hermes, T.; Hiß, A.; Knolle, F.; Nelson, E. A.; Neumann, G. U.; Papac, L.; Penske, S.; Rohrlach, A. B.; Salem, N.; Semerau, L.; Villalba-Mouco, V.; Abadie, I.; Aldenderfer, M.; Beckett, J. F.; Brown, M.; Campus, F. G. R.; Chenghwa, T.; Berrocal, M. C.; Damašek, L.; Carlson, K. S. D.; Durand, R.; Ernée, M.; Fântăneanu, C.; Frenzel, H.; Atiénzar, G. G.; Guillén, S.; Hsieh, E.; Karwowski, M.; Kelvin, D.; Kelvin, N.; Khokhlov, A.; Kinaston, R. L.; Korolev, A.; Krettek, K.-L.; Küßner, M.; Lai, L.; Look, C.; Majander, K.; Mandl, K.; Mazzarello, V.; McCormick, M.; de Ibáñez, P. M.; Murphy, R.; Németh, R. E.; Nordqvist, K.; Novotny, F.; Obenaus, M.; Olmo-Enciso, L.; Onkamo, P.; Orschiedt, J.; Patrushev, V.; Peltola, S.; Romero, A.; Rubino, S.; Sajantila, A.; Salazar-García, D. C.; Serrano, E.; Shaydullaev, S.; Sias, E.; Šlaus, M.; Stančo, L.; Swanston, T.; Teschler-Nicola, M.; Valentin, F.; de Vijver, K. V.; Varney, T. L.; Guirado, A. V.-E.; Waters, C. K.; Weiss-Krejci, E.; Winter, E.; Lamnidis, T. C.; Prüfer, K.; Nägele, K.; Spyrou, M.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Haak, W.; Posth, C.; Warinner, C.; Bos, K. I.; Herbig, A.; Krause, J.: Ancient Plasmodium genomes shed light on the history of human malaria. Nature 631, s41586-024-07546-2, pp. 125 - 133 (2024)

Sun, B.; Valtueña, A. A.; Kocher, A.; Gao, S.; Li, C.; Fu, S.; Zhang, F.; Ma, P.; Yang, X.; Qiu, Y. et al.; Zhang, Q.; Ma, J.; Chen, S.; Xiao, X.; Damchaabadgar, S.; Li, F.; Kovalev, A.; Hu, C.; Chen, X.; Wang, L.; Li, W.; Zhou, Y.; Zhu, H.; Krause, J.; Herbig, A.; Cui, Y.: Origin and dispersal history of Hepatitis B virus in Eastern Eurasia. Nature Communications 15, 2951 (2024)

Esquivel Gomez, L. R.; Weber, A.; Kocher, A.; Kühnert, D.: Recombination-aware phylogenetic analysis sheds light on the evolutionary origin of SARS-CoV-2. Scientific Reports 14 (1), 541 (2024)

Spott, R.; Pletz, M. W.; Fleischmann-Struzek, C.; Kimmig, A.; Hadlich, C.; Hauert, M.; Lohde, M.; Jundzill, M.; Marquet, M.; Dickmann, P. et al.; Schüchner, R.; Hölzer, M.; Kühnert, D.; Brandt, C.: Exploring the spatial distribution of persistent SARS-CoV-2 mutations. eLife, 94045.1 (2024)