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Krause, J.; Haak, W.: Neue Erkenntnisse zur genetischen Geschichte Europas. In: Migration und Integration von der Urgeschichte bis zum Mittelalter: 9. Mitteldeutscher Archäologentag vom 20.-22. Oktober 2016 in Halle (Saale), pp. 21 - 38 (Ed. Meller, H.). Landesamt für Denkmalpflege und Archäologie Sachsen-Anhalt, Landesmuseum für Vorgeschichte, Halle (Saale) (2017)

Massy, K.; Knipper, C.; Mittnik, A.; Kraus, S.; Pernicka, E.; Wittenborn, F.; Krause, J.; Stockhammer, P. W.: Patterns of transformation from the Final Neolithic to the Early Bronze Age: a case study from the Lech Valley South of Augsburg. In: Appropriating innovations: entangled knowledge in Eurasia, 5000‒1500 BCE, 20, pp. 241 - 261 (Eds. Maran, J.; Stockhammer, P. W.). Oxbow Books, Oxford (2017)

Vågene, Å. J.; Krause, J.; Bos, K. I.: Metagenomic analysis and mitochondrial genome reconstruction of the post-medieval individual from Moneen Cave. In: Archaeological excavations in Moneen Cave, the Burren, Co. Clare, pp. 49 - 52 (Ed. Dowd, M.). Archaeopress, Oxford (2016)

Stockhammer, P. W.; Massy, K.; Knipper, C.; Friedrich, R.; Kromer, B.; Lindauer, S.; Radosavljević, J.; Pernicka, E.; Krause, J.: Kontinuität und Wandel vom Endneolithikum zur frühen Bronzezeit in der Region Augsburg. In: 2200 BC - Ein Klimasturz als Ursache für den Zerfall der Alten Welt? 7. Mitteldeutscher Archäologentag vom 23. bis 26. Oktober 2014 in Halle (Saale), Vol. 12, 2, pp. 617 - 642 (Ed. Meller, H.) (2015)

Krause, J.: Ancient human migrations. In: Migration: [Österreichischer Wissenschaftstag 2011], pp. 45 - 64 (Eds. Neck, R.; Schmidinger, H.). Böhlau, Wien (2013)

Honap, T. P.; Vågene, Å. J.; Herbig, A.; Buikstra, J. E.; Bos, K. I.; Krause, J.; Stone, A. C.: Genomic analyses of ancient Mycobacterium tuberculosis complex strains from the Americas. (2017)

Furtwängler, A.: Genomic insights into Late Neolithic and Early Bronze Age populations of modern-day Switzerland. Dissertation, 159 pp., Universität Tübingen, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät [hosting institution], Tübingen (2020)

Keller, M.: Yersinia pestis genomes of the first and second plague pandemic recovered from ancient DNA. Dissertation, 271 pp., Friedrich-Schiller-Universität Jena, Fakultät für Biowissenschaften [hosting institution], Jena (2020)

Feldman, M.: Tracing past human mobility and disease in western Eurasia by the genetic analysis of ancient human remains. Dissertation, 258 pp., Friedrich-Schiller-Universität Jena, Fakultät für Biowissenschaften [hosting institution], Jena (2020)

Immel, A.: Applications of DNA capture in ancient DNA research. Dissertation, 258 pp., Friedrich-Schiller-Universität Jena, Fakultät für Biowissenschaften [hosting institution], Jena (2020)

Sabin, S.: Insights into microbial evolution and ecology from genetic analysis of diverse archaeological materials. Dissertation, 172 pp., Friedrich-Schiller-Universität Jena, Fakultät für Biowissenschaften [hosting institution], Jena (2020)

Rohrlach, A. B.; Papac, L.; Childebayeva, A.; Rivollat, M.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G. U.; Penske, S. E.; Skourtanioti, E.; Loosdrecht, M. S. v. d.; Akar, M. et al.; Boyadzhiev, K.; Boyadzhiev, Y.; Deguilloux, M.-F.; Dobeš, M.; Erdal, Y. S.; Ernée, M.; Frangipane, M.; Furmanek, M.; Friederich, S.; Ghesquière, E.; Hałuszko, A.; Hansen, S.; Küßner, M.; Mannino, M.; Özbal, R.; Reinhold, S.; Rottier, S.; Salazar-García, D. C.; Soler Diaz, J.; Stockhammer, P. W.; Togores Muñoz, T. M.; Aslihan Yener, K.; Posth, C.; Krause, J.; Herbig, A.; Haak, W.: Using Y-chromosome capture enrichment to resolve haplogroup H2 shows new evidence for a two-Path Neolithic expansion to Western Europe. bioRxiv, 431761 (2021), 23 pp.

Loog, L.; Thalmann, O.; Sinding, M.-H. S.; Schuenemann, V. J.; Perri, A.; Germonpre, M.; Bocherens, H.; Witt, K. E.; Samaniego Castruita, J. A.; Velasco, M. S. et al.; Lundstrom, I. K. C.; Wales, N.; Sonet, G.; Frantz, L.; Schroeder, H.; Budd, J.; Jimenez, E.-L.; Fedorov, S.; Gasparyan, B.; Kandel, A. W.; Lazni{ˇ c}kova-Galetova, M.; Napierala, H.; Uerpmann, H.-P.; Nikolskiy, P. A.; Pavlova, E. Y.; Pitulko, V. V.; Herzig, K.-H.; Malhi, R. S.; Willerslev, E.; Hansen, A. J.; Dobney, K.; Gilbert, M. T. P.; Krause, J.; Larson, G.; Eriksson, A.; Manica, A.: Modern wolves trace their origin to a late Pleistocene expansion from Beringia. bioRxiv, 370122 (2018), 29 pp.

Jeong, C.; Balanovsky, O.; Lukianova, E.; Kahbatkyzy, N.; Flegontov, P.; Zaporozhchenko, V.; Immel, A.; Wang, C.-C.; Ixan, O.; Khussainova, E. et al.; Bekmanov, B.; Zaibert, V.; Lavryashina, M.; Pocheshkhova, E.; Yusupov, Y.; Agdzhoyan, A.; Sergey, K.; Bukin, A.; Nymadawa, P.; Churnosov, M.; Skhalyakho, R.; Daragan, D.; Bogunov, Y.; Bogunova, A.; Shtrunov, A.; Dubova, N.; Zhabagin, M.; Yepiskoposyan, L.; Churakov, V.; Pislegin, N.; Damba, L.; Saroyants, L.; Dibirova, K.; Artamentova, L.; Utevska, O.; Idrisov, E.; Kamenshchikova, E.; Evseeva, I.; Metspalu, M.; Robbeets, M.; Djansugurova, L.; Balanovska, E.; Schiffels, S.; Haak, W.; Reich, D.; Krause, J.: Characterizing the genetic history of admixture across inner Eurasia. bioRxiv, 327122 (2018)

Wang, C.-C.; Reinhold, S. R.; Kalmykov, A.; Wissgott, A.; Brandt, G.; Jeong, C.; Cheronet, O.; Ferry, M.; Harney, E.; Keating, D. et al.; Mallick, S.; Rohland, N.; Stewardson, K.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Petrenko, V. G.; Erlikh, V. R.; Atabiev, B. C.; Magomedov, R. G.; Kohl, P. L.; Alt, K. W.; Pichler, S. L.; Gerling, C.; Meller, H.; Vardanyan, B.; Yeganyan, L.; Rezepkin, A. D.; Mariaschk, D.; Berezina, N. Y.; Gresky, J.; Fuchs, K.; Knipper, C.; Schiffels, S.; Balanovska, E.; Balanovsky, O.; Mathieson, I.; Higham, T.; Berezin, Y. B.; Buzhilova, A. P.; Trifonov, V.; Pinhasi, R.; Belinskiy, A. B.; Reich, D.; Hansen, S.; Krause, J.; Haak, W.: The genetic prehistory of the Greater Caucasus. bioRxiv, 322347 (2018), 30 pp.

Lamnidis, T. C.; Majander, K.; Jeong, C.; Salmela, E.; Wessman, A.; Moiseyev, V.; Khartanovich, V.; Balanovsky, O.; Ongyerth, M.; Weihmann, A. et al.; Sajantila, A.; Kelso, J.; Pääbo, S.; Onkamo, P.; Haak, W.; Krause, J.; Schiffels, S.: Ancient Fennoscandian genomes reveal origin and spread of Siberian ancestry in Europe. bioRxiv, 285437 (2018), 25 pp.

Amorim, C. E. G.; Vai, S.; Posth, C.; Modi, A.; Koncz, I.; Hakenbeck, S.; La Rocca, M. C.; Mende, B.; Bobo, D.; Pohl, W. et al.; Baricco, L. P.; Bedini, E.; Francalacci, P.; Giostra, C.; Vida, T.; Winger, D.; von Freeden, U.; Ghirotto, S.; Lari, M.; Barbujani, G.; Krause, J.; Caramelli, D.; Geary, P. J.; Veeramah, K. R.: Understanding 6th-Century Barbarian Social Organization and Migration through Paleogenomics. bioRxiv, 268250 (2018), 27 pp.

Flegontov, P.; Altinisik, N. E.; Changmai, P.; Rohland, N.; Mallick, S.; Bolnick, D. A.; Candilio, F.; Flegontova, O.; Jeong, C.; Harper, T. K. et al.; Keating, D.; Kennett, D. J.; Kim, A. M.; Lamnidis, T. C.; Olalde, I.; Raff, J.; Sattler, R. A.; Skoglund, P.; Vajda, E. J.; Vasilyev, S.; Veselovskaya, E.; Hayes, M. G.; O’Rourke, D. H.; Pinhasi, R.; Krause, J.; Reich, D.; Schiffels, S.: Paleo-Eskimo genetic legacy across North America. bioRxiv, 203018 (2017), 30 pp.

Knauf, S.; Gogarten, J.; Schuenemann, V. J.; Nys, H. M. D.; Duex, A.; Strouhal, M.; Mikalova, L.; Bos, K. I.; Armstrong, R.; Batamuzi, E. K. et al.; Chuma, I. S.; Davoust, B.; Diatta, G.; Fyumagwa, R. D.; Kazwala, R. R.; Keyyu, J. D.; Lejora, I. A. V.; Levasseur, A.; Liu, H.; Mayhew, M. A.; Mediannikov, O.; Raoult, D.; Wittig, R. M.; Roos, C.; Leendertz, F. H.; Smajs, D.; Nieselt, K.; Krause, J.; Calvignac-Spencer, S.: African nonhuman primates are infected with the Yaws bacterium Treponema pallidum subsp. pertenue. bioRxiv, 135491 (2017), 9 pp.

Mathieson, I.; Roodenberg, S. A.; Posth, C.; Szécsényi-Nagy, A.; Rohland, N.; Mallick, S.; Olalde, I.; Broomandkhoshbacht, N.; Cheronet, O.; Fernandes, D. et al.; Ferry, M.; Gamarra, B.; Fortes, G. G.; Haak, W.; Harney, E.; Krause-Kyora, B.; Kucukkalipci, I.; Michel, M.; Mittnik, A.; Nägele, K.; Novak, M.; Oppenheimer, J.; Patterson, N.; Pfrengle, S.; Sirak, K.; Stewardson, K.; Vai, S.; Alexandrov, S.; Alt, K. W.; Andreescu, R.; Antonović, D.; Ash, A.; Atanassova, N.; Bacvarov, K.; Gusztáv, M. B.; Bocherens, H.; Bolus, M.; Boroneanţ, A.; Boyadzhiev, Y.; Budnik, A.; Burmaz, J.; Chohadzhiev, S.; Conard, N. J.; Cottiaux, R.; Čuka, M.; Cupillard, C.; Drucker, D. G.; Elenski, N.; Francken, M.; Galabova, B.; Ganetovski, G.; Gely, B.; Hajdu, T.; Handzhyiska, V.; Harvati, K.; Higham, T.; Iliev, S.; Janković, I.; Karavanić, I.; Kennett, D. J.; Komšo, D.; Kozak, A.; Labuda, D.; Lari, M.; Lazar, C.; Leppek, M.; Leshtakov, K.; Vetro, D. L.; Los, D.; Lozanov, I.; Malina, M.; Martini, F.; McSweeney, K.; Meller, H.; Menđušić, M.; Mirea, P.; Moiseyev, V.; Petrova, V.; Price, T. D.; Simalcsik, A.; Sineo, L.; Šlaus, M.; Slavchev, V.; Stanev, P.; Starović, A.; Szeniczey, T.; Talamo, S.; Teschler-Nicola, M.; Thevenet, C.; Valchev, I.; Valentin, F.; Vasilyev, S.; Veljanovska, F.; Venelinova, S.; Veselovskaya, E.; Viola, B.; Virag, C.; Zaninović, J.; Zäuner, S.; Stockhammer, P. W.; Catalano, G.; Krauß, R.; Caramelli, D.; Zariņa, G.; Gaydarska, B.; Lillie, M.; Nikitin, A. G.; Potekhina, I.; Papathanasiou, A.; Borić, D.; Bonsall, C.; Krause, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.: The genomic history of Southeastern Europe. bioRxiv, 135616 (2017), 30 pp.