Publications of Arthur Kocher

Specht, G.; Schmid, C.; Kühnert, D.; Kocher, A.: ggret: an R package for visualising and manipulating tree‑based phylogenetic networks. The Journal of Open Source Software (JOSS) 10 (110), 7773 (2025)

Tay, J. H.; Kocher, A.; Duchene, S.: Assessing the effect of model specification and prior sensitivity on Bayesian tests of temporal signal. PLOS Computational Biology 20 (11), e1012371 (2024)

Michel, M.; Skourtanioti, E.; Pierini, F.; Guevara, E. K.; Mötsch, A.; Kocher, A.; Barquera, R.; Bianco, R. A.; Carlhoff, S.; Bove, L. C. et al.; Freilich, S.; Giffin, K.; Hermes, T.; Hiß, A.; Knolle, F.; Nelson, E. A.; Neumann, G. U.; Papac, L.; Penske, S.; Rohrlach, A. B.; Salem, N.; Semerau, L.; Villalba-Mouco, V.; Abadie, I.; Aldenderfer, M.; Beckett, J. F.; Brown, M.; Campus, F. G. R.; Chenghwa, T.; Berrocal, M. C.; Damašek, L.; Carlson, K. S. D.; Durand, R.; Ernée, M.; Fântăneanu, C.; Frenzel, H.; Atiénzar, G. G.; Guillén, S.; Hsieh, E.; Karwowski, M.; Kelvin, D.; Kelvin, N.; Khokhlov, A.; Kinaston, R. L.; Korolev, A.; Krettek, K.-L.; Küßner, M.; Lai, L.; Look, C.; Majander, K.; Mandl, K.; Mazzarello, V.; McCormick, M.; de Ibáñez, P. M.; Murphy, R.; Németh, R. E.; Nordqvist, K.; Novotny, F.; Obenaus, M.; Olmo-Enciso, L.; Onkamo, P.; Orschiedt, J.; Patrushev, V.; Peltola, S.; Romero, A.; Rubino, S.; Sajantila, A.; Salazar-García, D. C.; Serrano, E.; Shaydullaev, S.; Sias, E.; Šlaus, M.; Stančo, L.; Swanston, T.; Teschler-Nicola, M.; Valentin, F.; de Vijver, K. V.; Varney, T. L.; Guirado, A. V.-E.; Waters, C. K.; Weiss-Krejci, E.; Winter, E.; Lamnidis, T. C.; Prüfer, K.; Nägele, K.; Spyrou, M.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Haak, W.; Posth, C.; Warinner, C.; Bos, K. I.; Herbig, A.; Krause, J.: Ancient Plasmodium genomes shed light on the history of human malaria. Nature 631, s41586-024-07546-2, pp. 125 - 133 (2024)

Sun, B.; Valtueña, A. A.; Kocher, A.; Gao, S.; Li, C.; Fu, S.; Zhang, F.; Ma, P.; Yang, X.; Qiu, Y. et al.; Zhang, Q.; Ma, J.; Chen, S.; Xiao, X.; Damchaabadgar, S.; Li, F.; Kovalev, A.; Hu, C.; Chen, X.; Wang, L.; Li, W.; Zhou, Y.; Zhu, H.; Krause, J.; Herbig, A.; Cui, Y.: Origin and dispersal history of Hepatitis B virus in Eastern Eurasia. Nature Communications 15, 2951 (2024)

Esquivel Gomez, L. R.; Weber, A.; Kocher, A.; Kühnert, D.: Recombination-aware phylogenetic analysis sheds light on the evolutionary origin of SARS-CoV-2. Scientific Reports 14 (1), 541 (2024)

Esquivel Gomez, L. R.; Savin, C.; Andrianaivoarimanana, V.; Rahajandraibe, S.; Randriantseheno, L. N.; Zhou, Z.; Kocher, A.; Didelot, X.; Rajerison, M.; Kühnert, D.: Phylogenetic analysis of the origin and spread of plague in Madagascar. PLoS Neglected Tropical Diseases 17 (5), e0010362 (2023)

Begg, T.; Schmidt, A.; Kocher, A.; Larmuseau, M. H.D.; Runfeldt, G.; Maier, P. A.; Wilson, J. D.; Barquera, R.; Maj, C.; Szolek, A. et al.; Sager, M.; Clayton, S.; Peltzer, A.; Hui, R.; Ronge, J.; Reiter, E.; Freund, C.; Burri Promerová, M.; Aron, F.; Tiliakou, A.; Osborn, J.; Behar, D. M.; Boecker, M.; Brandt, G.; Cleynen, I.; Strassburg, C.; Prüfer, K.; Kühnert, D.; Meredith, W. R.; Nöthen, M. M.; Attenborough, R. D.; Kivisild, T.; Krause, J.: Genomic analyses of hair from Ludwig van Beethoven. Current Biology 33 (8), 2023.02.041, pp. 1431 - 1447.e22 (2023)

Kocher, A.; Cornuault, J.; Gantier, J.-C.; Manzi, S.; Chavy, A.; Girod, R.; Dusfour, I.; Forget, P.-M.; Ginouves, M.; Prévot, G. et al.; Guégan, J.-F.; Bañuls, A.-L.; de Thoisy, B.; Murienne, J.: Biodiversity and vector-borne diseases: host dilution and vector amplification occur simultaneously for Amazonian leishmaniases. Molecular Ecology 32 (8), 16341, pp. 1817 - 1831 (2023)

Spyrou, M. A.; Musralina, L.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Kocher, A.; Borbone, P.-G.; Khartanovich, V. I.; Buzhilova, A.; Djansugurova, L.; Bos, K. I.; Kühnert, D. et al.; Haak, W.; Slavin, P.; Krause, J.: The source of the Black Death in fourteenth-century central Eurasia. Nature 606 (7915), s41586-022-04800-3, pp. 718 - 724 (2022)

Kocher, A.; Papac, L.; Barquera Lozano, R. J.; Key, F. M.; Spyrou, M. A.; Hübler, R.; Rohrlach, A. B.; Aron, F.; Stahl, R.; Wissgott, A. et al.; van Bömmel, F.; Pfefferkorn, M.; Mittnik, A.; Villalba-Mouco, V.; Neumann, G.; Rivollat, M.; Loosdrecht, M. S. v. d.; Majander, K.; Tukhbatova, R. I.; Musralina, L.; Ghalichi, A.; Penske, S. E.; Sabin, S.; Michel, M.; Gretzinger, J.; Nelson, E. A.; Ferraz da Silva, T.; Nägele, K.; Parker, C. E.; Keller, M.; Guevara, E.; Feldman, M.; Eisenmann, S.; Skourtanioti, E.; Giffin, K.; Gnecchi Ruscone, G. A.; Friederich, S.; Schimmenti, V.; Khartanovich, V.; Karapetian, M. K.; Chaplygin, M. S.; Kufterin, V. V.; Khokhlov, A. A.; Chizhevsky, A. A.; Stashenkov, D. A.; Kochkina, A. F.; Tejedor-Rodríguez, C.; de Lagrán, Í. G.-M.; Arcusa-Magallón, H.; Garrido-Pena, R.; Royo-Guillén, J. I.; Novácek, J.; Rottier, S.; Kacki, S.; Saintot, S.; Kaverzneva, E.; Belinskiy, A. B.; Velemínský, P.; Limburský, P.; Kostka, M.; Loe, L.; Popescu, E.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sajantila, A.; de Armas, Y. C.; Godoy, S. T. H.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Pearson, J.; Binder, D.; Lefranc, P.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Lai, L.; Zoledziewska, M.; Beckett, J. F.; Langová, M.; Danielisová, A.; Ingman, T.; Atiénzar, G. G.; de Ibáñez, M. P. M.; Romero, A.; Sperduti, A.; Beckett, S.; Salter, S. J.; Zilivinskaya, E. D.; Vasilev, D. V.; von Heyking, K.; Burger, R. L.; Salazar, L. C.; Amkreutz, L.; Navruzbekov, M.; Rosenstock, E.; Alonso-Fernández, C.; Slavchev, V.; Kalmykov, A. A.; Atabiev, B. C.; Batieva, E.; Calmet, M. A.; Llamas, B.; Schultz, M.; Krauß, R.; Jiménez-Echevarría, J.; Francken, M.; Shnaider, S.; de Knijff, P.; Altena, E.; de Vijver, K. V.; Fehren-Schmitz, L.; Tung, T. A.; Lösch, S.; Dobrovolskaya, M.; Makarov, N.; Read, C.; Twest, M. V.; Sagona, C.; Ramsl, P. C.; Akar, M.; Yener, K. A.; Ballestero, E. C.; Cucca, F.; Mazzarello, V.; Utrilla, P.; Rademaker, K.; Fernández-Domínguez, E.; Baird, D.; Semal, P.; Márquez-Morfín, L.; Roksandic, M.; Steiner, H.; Salazar-García, D. C.; Shishlina, N.; Erdal, Y. S.; Hallgren, F.; Boyadzhiev, Y.; Boyadzhiev, K.; Küßner, M.; Sayer, D.; Onkamo, P.; Skeates, R.; Rojo-Guerra, M.; Buzhilova, A.; Khussainova, E.; Djansugurova, L. B.; Beisenov, A. Z.; Samashev, Z.; Massy, K.; Mannino, M.; Moiseyev, V.; Mannermaa, K.; Balanovsky, O.; Deguilloux, M.-F.; Reinhold, S.; Hansen, S.; Kitov, E. P.; Dobeš, M.; Ernée, M.; Meller, H.; Alt, K. W.; Prüfer, K.; Warinner, C. G.; Schiffels, S.; Stockhammer, P. W.; Bos, K. I.; Posth, C.; Herbig, A.; Haak, W.; Krause, J.; Kühnert, D.: Ten millennia of hepatitis B virus evolution. Science 374 (6564), abi5658, pp. 182 - 188 (2021)

de Thoisy, B.; Duron, O.; Epelboin, L.; Musset, L.; Quénel, P.; Roche, B.; Binetruy, F.; Briolant, S.; Carvalho, L.; Chavy, A. et al.; Couppié, P.; Demar, M.; Douine, M.; Dusfour, I.; Epelboin, Y.; Flamand, C.; Franc, A.; Ginouvès, M.; Gourbière, S.; Houël, E.; Kocher, A.; Lavergne, A.; Le Turnier, P.; Mathieu, L.; Murienne, J.; Nacher, M.; Pelleau, S.; Prévot, G.; Rousset, D.; Roux, E.; Schaub, R.; Talaga, S.; Thill, P.; Tirera, S.; Guégan, J.-F.: Ecology, evolution, and epidemiology of zoonotic and vector-borne infectious diseases in French Guiana: Transdisciplinarity does matter to tackle new emerging threats. Infection, Genetics and Evolution 93, 104916, pp. 1 - 18 (2021)

Guinat, C.; Vergne, T.; Kocher, A.; Chakraborty, D.; Paul, M. C.; Ducatez, M.; Stadler, T.: What can phylodynamics bring to animal health research? Trends in Ecology and Evolution 36 (9), 2021.04.013, pp. 837 - 847 (2021)

Majander, K.; Pfrengle, S.; Kocher, A.; Neukamm, J.; du Plessis, L.; Pla-Díaz, M.; Arora, N.; Akgül, G.; Salo, K.; Schats, R. et al.; Inskip, S.; Oinonen, M.; Valk, H.; Malve, M.; Kriiska, A.; Onkamo, P.; González-Candelas, F.; Kühnert, D.; Krause, J.; Schuenemann, V. J.: Ancient bacterial genomes reveal a high diversity of Treponema pallidum Strains in early Modern Europe. Current Biology 30 (19), 2020.07.058, pp. 3788 - 3803.e10 (2020)

Barquera, R.; Lamnidis, T. C.; Lankapalli, A. K.; Kocher, A.; Hernández-Zaragoza, D. I.; Nelson, E. A.; Zamora-Herrera, A. C.; Perez Ramallo, P.; Bernal-Felipe, N.; Immel, A. et al.; Bos, K.; Acuña-Alonzo, V.; Barbieri, C.; Roberts, P.; Herbig, A.; Kühnert, D.; Márquez-Morfín, L.; Krause, J.: Origin and health status of first-generation Africans from early colonial Mexico. Current Biology 30 (11), 2020.04.002, pp. 2078 - 2091.e11 (2020)

Borry, M.; Forsythe, A.; Valtueña, A. A.; Hübner, A.; Ibrahim, A.; Quagliariello, A.; White, A. E.; Kocher, A.; Vågene, Å. J.; Bartholdy, B. P. et al.; Spurīte, D.; Ponce-Soto, G. Y.; Neumann, G.; Huang, I.-T.; Light, I.; Velsko, I. M.; Jackson, I.; Frangenberg, J.; Serrano, J. G.; Fumey, J.; Özdoğan, K. T.; Blevins, K. E.; Daly, K. G.; Lopopolo, M.; Moraitou, M.; Michel, M.; van Os, M.; Bravo-Lopez, M. J.; Sarhan, M. S.; Dagtas, N. D.; Oskolkov, N.; Smith, O. S.; Lebrasseur, O.; Rozwalak, P.; Eisenhofer, R.; Wasef, S.; Ramachandran, S. L.; Vanghi, V.; Warinner, C.; Yates, J. A. F.: Facilitating accessible, rapid, and appropriate processing of ancient metagenomic data with AMDirT. (2023)