Publications of Stephan Schiffels

Gurdasani, D.; Carstensen, T.; Fatumo, S.; Chen, G.; Franklin, C. S.; Prado-Martinez, J.; Bouman, H.; Abascal, F.; Haber, M.; Tachmazidou, I. et al.; Mathieson, I.; Ekoru, K.; DeGorter, M. K.; Nsubuga, R. N.; Finan, C.; Wheeler, E.; Chen, L.; Cooper, D. N.; Schiffels, S.; Chen, Y.; Ritchie, G. R.S.; Pollard, M. O.; Fortune, M. D.; Mentzer, A. J.; Garrison, E.; Bergstrom, A.; Hatzikotoulas, K.; Adeyemo, A.; Doumatey, A.; Elding, H.; Wain, L. V.; Ehret, G.; Auer, P. L.; Kooperberg, C. L.; Reiner, A. P.; Franceschini, N.; Maher, D. P.; Montgomery, S. B.; Kadie, C.; Widmer, C.; Xue, Y.; Seeley, J.; Asiki, G.; Kamali, A.; Young, E. H.; Pomilla, C.; Soranzo, N.; Zeggini, E.; Pirie, F.; Morris, A. P.; Heckerman, D.; Tyler-Smith, C.; Motala, A.; Rotimi, C.; Kaleebu, P.; Barroso, I.; Sandhu, M. S.: Uganda genome resource enables insights into population history and genomic discovery in Africa. Cell 179 (4), pp. 984 - 1002.e36 (2019)

Lamnidis, T. C.; Majander, K.; Jeong, C.; Salmela, E.; Wessman, A.; Moiseyev, V.; Khartanovich, V.; Balanovsky, O.; Ongyerth, M.; Weihmann, A. et al.; Sajantila, A.; Kelso, J.; Pääbo, S.; Onkamo, P.; Haak, W.; Krause, J.; Schiffels, S.: Ancient Fennoscandian genomes reveal origin and spread of Siberian ancestry in Europe. Nature Communications 9, 5018 (2018)

Posth, C.; Nakatsuka, N.; Lazaridis, I.; Skoglund, P.; Mallick, S.; Lamnidis, T. C.; Rohland, N.; Nägele, K.; Adamski, N.; Bertolini, E. et al.; Broomandkhoshbacht, N.; Cooper, A.; Culleton, B. J.; Ferraz da Silva, T.; Ferry, M.; Furtwängler, A.; Haak, W.; Harkins, K.; Harper, T. K.; Hünemeier, T.; Lawson, A. M.; Llamas, B.; Michel, M.; Nelson, E. A.; Oppenheimer, J.; Patterson, N.; Schiffels, S.; Sedig, J.; Stewardson, K.; Talamo, S.; Wang, C.-C.; Hublin, J.-J.; Hubbe, M.; Harvati, K.; Delaunay, A. N.; Beier, J.; Francken, M.; Kaulicke, P.; Reyes-Centeno, H.; Rademaker, K.; Trask, W. R.; Robinson, M.; Gutierrez, S. M.; Prufer, K. M.; Salazar-García, D. C.; Chim, E. N.; Gomes, L. M. P.; Alves, M. L.; Liryo, A.; Inglez, M.; Oliveira, R. E.; Bernardo, D. V.; Barioni, A.; Wesolowski, V.; Scheifler, N. A.; Rivera, M. A.; Plens, C. R.; Messineo, P. G.; Figuti, L.; Corach, D.; Scabuzzo, C.; Eggers, S.; DeBlasis, P.; Reindel, M.; Méndez, C.; Politis, G.; Tomasto-Cagigao, E.; Kennett, D. J.; Strauss, A.; Fehren-Schmitz, L.; Krause, J.; Reich, D.: Reconstructing the deep population history of Central and South America. Cell 175 (5), e22, pp. 1185 - 1197 (2018)

Haak, W.; Schiffels, S.: Möglichkeiten und Grenzen molekulargenetischer Untersuchungen in den Geschichtswissenschaften. NTM: Zeitschrift für Geschichte der Wissenschaften, Technik und Medizin 26 (3), pp. 310 - 324 (2018)

Potter, B. A.; Baichtal, J. F.; Beaudoin, A. B.; Fehren-Schmitz, L.; Haynes, C. V.; Holliday, V. T.; Holmes, C. E.; Ives, J. W.; Kelly, R. L.; Llamas, B. et al.; Malhi, R. S.; Miller, D. S.; Reich, D.; Reuther, J. D.; Schiffels, S.; Surovell, T. A.: Current evidence allows multiple models for the peopling of the Americas. Science Advances 4 (8), eaat5473 (2018)

Loosdrecht, M. S. v. d.; Bouzouggar, A.; Humphrey, L.; Posth, C.; Barton, N.; Aximu-Petri, A.; Nickel, B.; Nagel, S.; Talbi, E. H.; Hajraoui, M. A. E. et al.; Amzazi, S.; Hublin, J.-J.; Pääbo, S.; Schiffels, S.; Meyer, M.; Haak, W.; Jeong, C.; Krause, J.: Pleistocene North African genomes link near Eastern and sub-Saharan African human populations. Science 360 (6388), pp. 548 - 552 (2018)

Mittnik, A.; Wang, C.-C.; Pfrengle, S.; Daubaras, M.; Zariņa, G.; Hallgren, F.; Allmäe, R.; Khartanovich, V.; Moiseyev, V.; Tõrv, M. et al.; Furtwängler, A.; Andrades Valtueña, A.; Feldman, M.; Economou, C.; Oinonen, M.; Vasks, A.; Balanovska, E.; Reich, D.; Jankauskas, R.; Haak, W.; Schiffels, S.; Krause, J.: The genetic prehistory of the Baltic Sea region. Nature Communications 9, 442 (2018)

Schuenemann, V. J.; Peltzer, A.; Welte, B.; Pelt, W. P. v.; Molak, M.; Wang, C.-C.; Furtwängler, A.; Urban, C.; Reiter, E.; Nieselt, K. et al.; Teßmann, B.; Francken, M.; Harvati, K.; Haak, W.; Schiffels, S.; Krause, J.: Ancient Egyptian mummy genomes suggest an increase of Sub-Saharan African ancestry in post-Roman periods. Nature Communications 8, 15694 (2017)

Malaspinas, A.-S.; Westaway, M. C.; Muller, C.; Sousa, V. C.; Lao, O.; Alves, I.; Bergström, A.; Athanasiadis, G.; Cheng, J. Y.; Crawford, J. E. et al.; Heupink, T. H.; Macholdt, E.; Peischl, S.; Rasmussen, S.; Schiffels, S.; Subramanian, S.; Wright, J. L.; Albrechtsen, A.; Barbieri, C.; Dupanloup, I.; Eriksson, A.; Margaryan, A.; Moltke, I.; Pugach, I.; Korneliussen, T. S.; Levkivskyi, I. P.; Moreno-Mayar, J. V.; Ni, S.; Racimo, F.; Sikora, M.; Xue, Y.; Aghakhanian, F. A.; Brucato, N.; Brunak, S.; Campos, P. F.; Clark, W.; Ellingvåg, S.; Fourmile, G.; Gerbault, P.; Injie, D.; Koki, G.; Leavesley, M.; Logan, B.; Lynch, A.; Matisoo-Smith, E. A.; McAllister, P. J.; Mentzer, A. J.; Metspalu, M.; Migliano, A. B.; Murgha, L.; Phipps, M. E.; Pomat, W.; Reynolds, D.; Ricaut, F.-X.; Siba, P.; Thomas, M. G.; Wales, T.; Ma’run Wall, C.; Oppenheimer, S. J.; Tyler-Smith, C.; Durbin, R.; Dortch, J.; Manica, A.; Schierup, M. H.; Foley, R. A.; Mirazón Lahr, M.; Bowern, C.; Wall, J. D.; Mailund, T.; Stoneking, M.; Nielsen, R.; Sandhu, M. S.; Excoffier, L.; Lambert, D. M.; Willerslev, E.: A genomic history of Aboriginal Australia. Nature 538 (7624), pp. 207 - 214 (2016)

Fu, Q.; Posth, C.; Hajdinjak, M.; Petr, M.; Mallick, S.; Fernandes , D.; Furtwängler , A.; Haak, W.; Meyer, M.; Mittnik, A. et al.; Nickel, B.; Peltzer, A.; Rohland, N.; Slon, V.; Talamo, S.; Lazaridis, I.; Lipson, M.; Mathieson, I.; Schiffels, S.; Skoglund, P.; Derevianko, A. P.; Drozdov, N.; Slavinsky, V.; Tsybankov, A.; Cremonesi, R. G.; Mallegni, F.; Gély, B.; Vacca, E.; Morales, M. R. G.; Straus, L. G.; Neugebauer-Maresch, C.; Teschler-Nicola, M.; Constantin, S.; Moldovan, O. T.; Benazzi, S.; Peresani, M.; Coppola, D.; Lari, M.; Ricci, S.; Ronchitelli, A.; Valentin, F.; Thevenet, C.; Wehrberger, K.; Grigorescu, K.; Rougier, H.; Crevecoeur, I.; Flas, D.; Semal, P.; Mannino, M. A.; Cupillard, C.; Bocherens, H.; Conard, N. J.; Harvati, K.; Moiseyev, V.; Drucker, D. G.; Svoboda, J.; Richards, M. P.; Caramelli, D.; Pinhasi, R.; Kelso, J.; Patterson, N.; Krause, J.; Pääbo, S.; Reich, D.: The genetic history of Ice Age Europe. Nature 534 (7606), 17993, pp. 200 - 205 (2016)

Schiffels, S.; Haak, W.; Paajanen, P.; Llamas, B.; Popescu, E.; Loe, L.; Clarke, R.; Lyons, A.; Mortimer, R.; Sayer, D. et al.; Tyler-Smith, C.; Cooper, A.; Durbin, R.: Iron Age and Anglo-Saxon genomes from East England reveal British migration history. Nature Communications 7, 10408 (2016)

Schiffels, S.; Wang, K.: MSMC and MSMC2: the multiple sequentially markovian coalescent. In: Statistical population genomics, II.7, pp. 147 - 165 (Ed. Dutheil, J. Y.). Humana, New York, NY (2020)

Schiffels, S.; Sayer, D.: Investigating Anglo-Saxon migration history with ancient and modern DNA. In: Migration und Integration von der Urgeschichte bis zum Mittelalter: 9. Mitteldeutscher Archäologentag vom 20.-22. Oktober 2016 in Halle (Saale) (Ed. Meller, H.). Landesamt für Denkmalpflege und Archäologie Sachsen-Anhalt, Landesmuseum für Vorgeschichte, Halle (Saale) (2017)

Lamnidis, T. C.: Exploring the effects of migration and admixture on human populations through time, using ancient DNA. Dissertation, 166 pp., Friedrich Schiller University Jena, Faculty of Life Sciences [hosting institution], Jena (2021)

Wang, K.: Investigating human population structure through time with new computational methods and ancient DNA data. Dissertation, 225 pp., Friedrich Schiller University, Faculty of Biosciences, Jena (2021)

Jeong, C.; Balanovsky, O.; Lukianova, E.; Kahbatkyzy, N.; Flegontov, P.; Zaporozhchenko, V.; Immel, A.; Wang, C.-C.; Ixan, O.; Khussainova, E. et al.; Bekmanov, B.; Zaibert, V.; Lavryashina, M.; Pocheshkhova, E.; Yusupov, Y.; Agdzhoyan, A.; Sergey, K.; Bukin, A.; Nymadawa, P.; Churnosov, M.; Skhalyakho, R.; Daragan, D.; Bogunov, Y.; Bogunova, A.; Shtrunov, A.; Dubova, N.; Zhabagin, M.; Yepiskoposyan, L.; Churakov, V.; Pislegin, N.; Damba, L.; Saroyants, L.; Dibirova, K.; Artamentova, L.; Utevska, O.; Idrisov, E.; Kamenshchikova, E.; Evseeva, I.; Metspalu, M.; Robbeets, M.; Djansugurova, L.; Balanovska, E.; Schiffels, S.; Haak, W.; Reich, D.; Krause, J.: Characterizing the genetic history of admixture across inner Eurasia. bioRxiv, 327122 (2018)

Wang, C.-C.; Reinhold, S. R.; Kalmykov, A.; Wissgott, A.; Brandt, G.; Jeong, C.; Cheronet, O.; Ferry, M.; Harney, E.; Keating, D. et al.; Mallick, S.; Rohland, N.; Stewardson, K.; Kantorovich, A. R.; Maslov, V. E.; Petrenko, V. G.; Erlikh, V. R.; Atabiev, B. C.; Magomedov, R. G.; Kohl, P. L.; Alt, K. W.; Pichler, S. L.; Gerling, C.; Meller, H.; Vardanyan, B.; Yeganyan, L.; Rezepkin, A. D.; Mariaschk, D.; Berezina, N. Y.; Gresky, J.; Fuchs, K.; Knipper, C.; Schiffels, S.; Balanovska, E.; Balanovsky, O.; Mathieson, I.; Higham, T.; Berezin, Y. B.; Buzhilova, A. P.; Trifonov, V.; Pinhasi, R.; Belinskiy, A. B.; Reich, D.; Hansen, S.; Krause, J.; Haak, W.: The genetic prehistory of the Greater Caucasus. bioRxiv, 322347 (2018), 30 pp.

Lamnidis, T. C.; Majander, K.; Jeong, C.; Salmela, E.; Wessman, A.; Moiseyev, V.; Khartanovich, V.; Balanovsky, O.; Ongyerth, M.; Weihmann, A. et al.; Sajantila, A.; Kelso, J.; Pääbo, S.; Onkamo, P.; Haak, W.; Krause, J.; Schiffels, S.: Ancient Fennoscandian genomes reveal origin and spread of Siberian ancestry in Europe. bioRxiv, 285437 (2018), 25 pp.

Potter, B. A.; Beaudoin, A. B.; Haynes, C. V.; Holliday, V. T.; Holmes, C. E.; Ives, J. W.; Kelly, R.; Llamas, B.; Malhi, R.; Miller, S. et al.; Reich, D.; Reuther, J. D.; Schiffels, S.; Surovell, T.: Arrival routes of first Americans uncertain. Science 359 (6381) pp. 1224 - 1225 (2018), 2 pp.

Mittnik, A.; Wang, C.-C.; Pfrengle, S.; Daubaras, M.; Zariņa, G.; Hallgren, F.; Allmäe, R.; Khartanovich, V.; Moiseyev, V.; Furtwängler, A. et al.; Andrades Valtueña, A.; Feldman, M.; Economou, C.; Oinonen, M.; Vasks, A.; Tõrv, M.; Balanovsky, O.; Reich, D.; Jankauskas, R.; Haak, W.; Schiffels, S.; Krause, J.: The genetic history of Northern Europe. bioRxiv, 113241 (2017), 26 pp.