Publications of Johannes Krause

Jeong, C.; Wilkin, S.; Amgalantugs, T.; Bouwman, A. S.; Taylor, W. T. T.; Hagan, R.; Bromage, S.; Tsolmon, S.; Trachsel, C.; Grossmann, J. et al.; Littleton, J.; Makarewicz, C. A.; Krigbaum, J.; Burri Promerová, M.; Scott, A.; Davaasambuu, G.; Wright, J.; Irmer, F.; Myagmar, E.; Boivin, N. L.; Robbeets, M.; Rühli, F. J.; Krause, J.; Frohlich, B.; Hendy, J.; Warinner, C. G.: Bronze Age population dynamics and the rise of dairy pastoralism on the eastern Eurasian steppe. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 115 (48), pp. E11248 - E11255 (2018)

Posth, C.; Nakatsuka, N.; Lazaridis, I.; Skoglund, P.; Mallick, S.; Lamnidis, T. C.; Rohland, N.; Nägele, K.; Adamski, N.; Bertolini, E. et al.; Broomandkhoshbacht, N.; Cooper, A.; Culleton, B. J.; Ferraz da Silva, T.; Ferry, M.; Furtwängler, A.; Haak, W.; Harkins, K.; Harper, T. K.; Hünemeier, T.; Lawson, A. M.; Llamas, B.; Michel, M.; Nelson, E. A.; Oppenheimer, J.; Patterson, N.; Schiffels, S.; Sedig, J.; Stewardson, K.; Talamo, S.; Wang, C.-C.; Hublin, J.-J.; Hubbe, M.; Harvati, K.; Delaunay, A. N.; Beier, J.; Francken, M.; Kaulicke, P.; Reyes-Centeno, H.; Rademaker, K.; Trask, W. R.; Robinson, M.; Gutierrez, S. M.; Prufer, K. M.; Salazar-García, D. C.; Chim, E. N.; Gomes, L. M. P.; Alves, M. L.; Liryo, A.; Inglez, M.; Oliveira, R. E.; Bernardo, D. V.; Barioni, A.; Wesolowski, V.; Scheifler, N. A.; Rivera, M. A.; Plens, C. R.; Messineo, P. G.; Figuti, L.; Corach, D.; Scabuzzo, C.; Eggers, S.; DeBlasis, P.; Reindel, M.; Méndez, C.; Politis, G.; Tomasto-Cagigao, E.; Kennett, D. J.; Strauss, A.; Fehren-Schmitz, L.; Krause, J.; Reich, D.: Reconstructing the deep population history of Central and South America. Cell 175 (5), e22, pp. 1185 - 1197 (2018)

Furtwängler, A.; Reiter, E.; Neumann, G. U.; Siebke, I.; Steuri, N.; Hafner, A.; Lösch, S.; Anthes, N.; Schuenemann, V. J.; Krause, J.: Ratio of mitochondrial to nuclear DNA affects contamination estimates in ancient DNA analysis. Scientific Reports 8, 14075 (2018)

Knauf, S.; Gogarten, J. F.; Schuenemann, V. J.; Nys, D.; M., H.; Düx, A.; Strouhal, M.; Mikalová, L.; Bos, K. I.; Armstrong, R. et al.; Batamuzi, E. K.; Chuma, I. S.; Davoust, B.; Diatta, G.; Fyumagwa, R. D.; Kazwala, R. R.; Keyyu, J. D.; Lejora, I. A. V.; Levasseur, A.; Liu, H.; Mayhew, M. A.; Mediannikov, O.; Raoult, D.; Wittig, R. M.; Roos, C.; Leendertz, F. H.; Šmajs, D.; Nieselt, K.; Krause, J.; Calvignac-Spencer, S.: Nonhuman primates across sub-Saharan Africa are infected with the yaws bacterium Treponema pallidum subsp. pertenue. Emerging Microbes & Infections 7, 157 (2018)

Amorim, C. E. G.; Vai, S.; Posth, C.; Modi, A.; Koncz, I.; Hakenbeck, S.; La Rocca, M. C.; Cristina, M.; Mende, B.; Bobo, D. et al.; Pohl, W.; Baricco, L. P.; Bedini, E.; Francalacci, P.; Giostra, C.; Vida, T.; Winger, D.; von Freeden, U.; Ghirotto, S.; Lari, M.; Barbujani, G.; Krause, J.; Caramelli, D.; Geary, P. J.; Veeramah, K. R.: Understanding 6th-century barbarian social organization and migration through paleogenomics. Nature Communications 9, 3547 (2018)

O’Sullivan, N.; Posth, C.; Coia, V.; Schuenemann, V. J.; Price, T. D.; Wahl, J.; Pinhasi, R.; Zink, A.; Krause, J.; Maixner, F.: Ancient genome-wide analyses infer kinship structure in an Early Medieval Alemannic graveyard. Science Advances 4 (9), 1262 (2018)

Galarza, J. M.; Barquera, R.; Álvarez, A. M. T.; Zaragoza, H.; I., D.; Sevilla, G. P.; Tamayo, A.; Pérez, M.; Dávila, D.; Birnberg, L. et al.; Alonzo, V. A.; Krause, J.; Grijalva, M.: Genetic diversity of the HLA system in human populations from the Sierra (Andean), Oriente (Amazonian) and Costa (Coastal) regions of Ecuador. Human Immunology 79 (9), pp. 639 - 650 (2018)

Eisenmann, S.; Bánffy, E.; van Dommelen, P.; Hofmann, K. P.; Maran, J.; Lazaridis, I.; Mittnik, A.; McCormick, M.; Krause, J.; Reich, D. et al.; Stockhammer, P. W.: Reconciling material cultures in archaeology with genetic data: The nomenclature of clusters emerging from archaeogenomic analysis. Scientific Reports 8, 13003 (2018)

Mann, A.; Sabin, S.; Ziesemer, K.; Vågene, Å. J.; Schroeder, H.; Ozga, A. T.; Sankaranarayanan, K.; Hofman, C. A.; Fellows Yates, J. A.; Salazar-García, D. C. et al.; Frohlich, B.; Aldenderfer, M.; Hoogland, M.; Read, C.; Milner, G. R.; Stone, A. C.; Lewis, C. M.; Krause, J.; Hofman, C.; Bos, K. I.; Warinner, C. G.: Differential preservation of endogenous human and microbial DNA in dental calculus and dentin. Scientific Reports 8 (1), 9822 (2018)

Schuenemann, V. J.; Lankapalli, A. K.; Barquera, R.; Nelson, E. A.; Iraíz Hernández, D.; Acuña Alonzo, V.; Bos, K. I.; Márquez Morfín, L.; Herbig, A.; Krause, J.: Historic Treponema pallidum genomes from Colonial Mexico retrieved from archaeological remains. PLOS Neglected Tropical Diseases 12 (6), e0006447 (2018)

Spyrou, M. A.; Tukhbatova, R. I.; Wang, C.-C.; Andrades Valtueña, A.; Lankapalli, A. K.; Kondrashin, V. V.; Tsybin, V. A.; Khokhlov, A.; Kühnert, D.; Herbig, A. et al.; Bos, K. I.; Krause, J.: Analysis of 3800-year-old Yersinia pestis genomes suggests Bronze Age origin for bubonic plague. Nature Communications 9, 2234 (2018)

Schuenemann, V. J.; Avanzi, C.; Krause-Kyora, B.; Seitz, A.; Herbig, A.; Inskip, S.; Bonazzi, M.; Reiter, E.; Urban, C.; Dangvard Pedersen, D. et al.; Taylor, G. M.; Singh, P.; Stewart, G. R.; Velemínský, P.; Likovsky, J.; Marcsik, A.; Molnár, E.; Pálfi, G.; Mariotti, V.; Riga, A.; Belcastro, M. G.; Boldsen, J. L.; Nebel, A.; Mays, S.; Donoghue, H. D.; Zakrzewski, S.; Benjak, A.; Nieselt, K.; Cole, S. T.; Krause, J.: Ancient genomes reveal a high diversity of Mycobacterium leprae in medieval Europe. PLoS Pathogens 14 (5), pp. 1 - 17 (2018)

Krause-Kyora, B.; Susat, J.; Key, F. M.; Kühnert, D.; Bosse, E.; Immel, A.; Rinne, C.; Kornell, S.-C.; Yepes, D.; Franzenburg, S. et al.; Heyne, H. O.; Meier, T.; Lösch, S.; Meller, H.; Friederich, S.; Nicklisch, N.; Alt, K. W.; Schreiber, S.; Tholey, A.; Herbig, A.; Nebel, A.; Krause, J.: Neolithic and medieval virus genomes reveal complex evolution of Hepatitis B. eLife 7, e36666 (2018)

Hajdinjak, M.; Fu, Q.; Hübner, A.; Petr, M.; Mafessoni, F.; Grote, S.; Skoglund, P.; Narasimham, V.; Rougier, H.; Crevecoeur, I. et al.; Semal, P.; Soressi, M.; Talamo, S.; Hublin, J.-J.; Gušić, I.; Kućan, Ž.; Rudan, P.; Golovanova, L. V.; Doronichev, V. B.; Posth, C.; Krause, J.; Korlević, P.; Nagel, S.; Nickel, B.; Slatkin, M.; Patterson, N.; Reich, D.; Prüfer, K.; Meyer, M.; Pääbo, S.; Kelso, J.: Reconstructing the genetic history of late Neanderthals. Nature 555 (7695), 26151, pp. 652 - 656 (2018)

Loosdrecht, M. S. v. d.; Bouzouggar, A.; Humphrey, L.; Posth, C.; Barton, N.; Aximu-Petri, A.; Nickel, B.; Nagel, S.; Talbi, E. H.; Hajraoui, M. A. E. et al.; Amzazi, S.; Hublin, J.-J.; Pääbo, S.; Schiffels, S.; Meyer, M.; Haak, W.; Jeong, C.; Krause, J.: Pleistocene North African genomes link near Eastern and sub-Saharan African human populations. Science 360 (6388), pp. 548 - 552 (2018)

Mathieson, I.; Alpaslan-Roodenberg, S.; Posth, C.; Szécsényi-Nagy, A.; Rohland, N.; Mallick, S.; Olalde, I.; Broomandkhoshbacht, N.; Candilio, F.; Cheronet, O. et al.; Fernandes, D.; Ferry, M.; Gamarra, B.; Fortes, G. G.; Haak, W.; Harney, E.; Jones, E.; Keating, D.; Krause-Kyora, B.; Kucukkalipci, I.; Michel, M.; Mittnik, A.; Nägele, K.; Novak, M.; Oppenheimer, J.; Patterson, N.; Pfrengle, S.; Sirak, K.; Stewardson, K.; Vai, S.; Alexandrov, S.; Alt, K. W.; Andreescu, R.; Antonović, D.; Ash, A.; Atanassova, N.; Bacvarov, K.; Gusztáv, M. B.; Bocherens, H.; Bolus, M.; Boroneanţ, A.; Boyadzhiev, Y.; Budnik, A.; Burmaz, J.; Chohadzhiev, S.; Conard, N. J.; Cottiaux, R.; Čuka, M.; Cupillard, C.; Drucker, D. G.; Elenski, N.; Francken, M.; Galabova, B.; Ganetsovski, G.; Gély, B.; Hajdu, T.; Handzhyiska, V.; Harvati, K.; Higham, T.; Iliev, S.; Janković, I.; Karavanić, I.; Kennett, D. J.; Komšo, D.; Kozak, A.; Labuda, D.; Lari, M.; Lazar, C.; Leppek, M.; Leshtakov, K.; Vetro, D. L.; Los, D.; Lozanov, I.; Malina, M.; Martini, F.; McSweeney, K.; Meller, H.; Menđušić, M.; Mirea, P.; Moiseyev, V.; Petrova, V.; Price, T. D.; Simalcsik, A.; Sineo, L.; Šlaus, M.; Slavchev, V.; Stanev, P.; Starović, A.; Szeniczey, T.; Talamo, S.; Teschler-Nicola, M.; Thevenet, C.; Valchev, I.; Valentin, F.; Vasilyev, S.; Veljanovska, F.; Venelinova, S.; Veselovskaya, E.; Viola, T.; Virag, C.; Zaninović, J.; Zäuner, S.; Stockhammer, P. W.; Catalano, G.; Krauß, R.; Caramelli, D.; Zariņa, G.; Gaydarska, B.; Lillie, M.; Nikitin, A. G.; Potekhina, I.; Papathanasiou, A.; Borić, D.; Bonsall, C.; Krause, J.; Pinhasi, R.; Reich, D.: The genomic history of southeastern Europe. Nature 555 (7695), 25778, pp. 197 - 203 (2018)

Olalde, I.; Brace, S.; Allentoft, M. E.; Armit, I.; Kristiansen, K.; Booth, T.; Rohland, N.; Mallick, S.; Szécsényi-Nagy, A.; Mittnik, A. et al.; Altena, E.; Lipson, M.; Lazaridis, I.; Harper, T. K.; Patterson, N.; Broomandkhoshbacht, N.; Diekmann, Y.; Faltyskova, Z.; Fernandes, D.; Ferry, M.; Harney, E.; de Knijff, P.; Michel, M.; Oppenheimer, J.; Stewardson, K.; Barclay, A.; Alt, K. W.; Liesau, C.; Ríos, P.; Blasco, C.; Miguel, J. V.; García, R. M.; Fernández, A. A.; Bánffy, E.; Bernabò-Brea, M.; Billoin, D.; Bonsall, C.; Bonsall, L.; Allen, T.; Büster, L.; Carver, S.; Navarro, L. C.; Craig, O. E.; Cook, G. T.; Cunliffe, B.; Denaire, A.; Dinwiddy, K. E.; Dodwell, N.; Ernée, M.; Evans, C.; Kuchařík, M.; Farré, J. F.; Fowler, C.; Gazenbeek, M.; Pena, R. G.; Haber-Uriarte, M.; Haduch, E.; Hey, G.; Jowett, N.; Knowles, T.; Massy, K.; Pfrengle, S.; Lefranc, P.; Lemercier, O.; Lefebvre, A.; Martínez, C. H.; Olmo, V. G.; Ramírez, A. B.; Maurandi, J. L.; Majó, T.; McKinley, J. I.; McSweeney, K.; Mende, B. G.; Mod, A.; Kulcsár, G.; Kiss, V.; Czene, A.; Patay, R.; Endrődi, A.; Köhler, K.; Hajdu, T.; Szeniczey, T.; Dani, J.; Bernert, Z.; Hoole, M.; Cheronet, O.; Keating, D.; Velemínský, P.; Dobeš, M.; Candilio, F.; Brown, F.; Fernández, R. F.; Herrero-Corral, A.-M.; Tusa, S.; Carnieri, E.; Lentini, L.; Valenti, A.; Zanini, A.; Waddington, C.; Delibes, G.; Guerra-Doce, E.; Neil, B.; Brittain, M.; Luke, M.; Mortimer, R.; Desideri, J.; Besse, M.; Brücken, G.; Furmanek, M.; Hałuszko, A.; Mackiewicz, M.; Rapiński, A.; Leach, S.; Soriano, I.; Lillios, K. T.; Cardoso, J. L.; Pearson, M. P.; Włodarczak, P.; Price, T. D.; Prieto, P.; Rey, P.-J.; Risch, R.; Guerra, R.; A., M.; Schmitt, A.; Serralongue, J.; Silva, A. M.; Smrčka, V.; Vergnaud, L.; Zilhão, J.; Caramelli, D.; Higham, T.; Thomas, M. G.; Kennett, D. J.; Fokkens, H.; Heyd, V.; Sheridan, A.; Sjögren, K.-G.; Stockhammer, P. W.; Krause, J.; Pinhasi, R.; Haak, W.; Barnes, I.; Lalueza-Fox, C.; Reich, D.: The Beaker phenomenon and the genomic transformation of northwest Europe. Nature 555 (7695), 25738, pp. 190 - 196 (2018)

Vågene, Å. J.; Herbig, A.; Campana, M. G.; García, R.; M., N.; Warinner, C.; Sabin, S.; Spyrou, M. A.; Andrades Valtueña, A.; Huson, D. et al.; Tuross, N.; Bos, K. I.; Krause, J.: Salmonella enterica genomes from victims of a major sixteenth-century epidemic in Mexico. Nature Ecology & Evolution 2 (3), pp. 520 - 528 (2018)

Posth, C.; Nägele, K.; Colleran, H.; Valentin, F.; Bedford, S.; Kami, K. W.; Shing, R.; Buckley, H.; Kinaston, R.; Walworth, M. et al.; Clark, G. R.; Reepmeyer, C.; Flexner, J.; Maric, T.; Moser, J.; Gresky, J.; Kiko, L.; Robson, K. J.; Auckland, K.; Oppenheimer, S. J.; Hill, A. V. S.; Mentzer, A. J.; Zech, J.; Petchey, F.; Roberts, P.; Jeong, C.; Gray, R. D.; Krause, J.; Powell, A.: Language continuity despite population replacement in Remote Oceania. Nature Ecology & Evolution 2 (4), pp. 731 - 740 (2018)

Exposito-Alonso, M.; Becker, C.; Schuenemann, V. J.; Reiter, E.; Setzer, C.; Slovak, R.; Brachi, B.; Hagmann, J.; Grimm, D. G.; Chen, J. et al.; Busch, W.; Bergelson, J.; Ness, R. W.; Krause, J.; Burbano, H. A.; Weigel, D.: The rate and potential relevance of new mutations in a colonizing plant lineage. PLoS Genetics 14 (2), e1007155 (2018)